氣體中的雜質主要是一些*氣體、低分子有機化合物和水蒸氣，故一般采用裝有分子篩的過濾器以吸附有機雜質，采用變色硅膠除去水蒸氣。實際操作時間可根據檢測器的噪聲水平判斷氣體的純度，如果噪聲明顯增大，就要首先檢查氣體純度。要定期更換凈化裝置中的填料，分子篩可重新活化后再使用。活化方法是將分子篩從過濾裝置中取出，置于坩堝中，置于馬弗爐內加熱到400——800℃，活化4——6h。

至于硅膠則可根據顏色判斷是否失效，當顏色變紅時，就要重新活化。方法是在烘箱中140℃左右加熱2h即可。

注意重新裝填過濾裝置時，要除去填料中的粉末，避免其被載氣帶入色譜系統，造成氣路堵塞。比較簡單的方法是在一個過濾器內裝一半硅膠，一半分子篩，這樣，一旦硅膠變色，就可更換全部填料。

大部分氣相色譜儀本身帶有氣體凈化器，也要注意定期更換填料。即是這樣的儀器，也應在氣源和儀器之間附加一個凈化裝置。